Фамилия Семьюшкина — одна из тех, где редкость корня бросается в глаза сразу. В отличие от привычных Семёновых, Семиных или Семечкиных, здесь основа не «Семён» и не «Сема», а «Семьюшк-». Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Семён, образованная с помощью суффикса -ушк- (сравните: дедушка, батюшка). В русском языке такие формы часто становились прозвищами, а затем и фамилиями, особенно в северных и центральных говорах, где любили «уютные» варианты имён.

Словообразовательная модель проста: исходное прозвище Семьюшка (ласковое обращение к Семёну) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Семьюшкина — «дочь (или жена) Семьюшки». В русской ономастике фамилии на -ин, как правило, образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я, что здесь и происходит. Суффикс -к- в данном случае не фамильный, а часть самого прозвища: Семьюшка — Семьюшкин.

Географически фамилия редкая. В XIX веке она была зафиксирована в основном в Вологодской и Костромской губерниях — регионах, где архаичные формы имён с суффиксом -ушк- держались дольше всего. Встречаются также варианты написания через «ё» — Семьюшкин, но в женской форме разницы нет. Споров о происхождении здесь почти не возникает: все специалисты сходятся на том, что это патроним от ласкательного варианта канонического имени Семён (в крещении Симеон), которое означает «услышанный Богом». Никакой связи с «семьёй» или «семью» нет — это чисто фонетическое совпадение.

Если ваш предок носил такую фамилию, он, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком из северных уездов России, а сама фамилия закрепилась за одним родом, а не за целым селом.