Фамилия Семьюшкин образована по одной из самых распространенных в русской ономастике моделей: от личного имени или прозвища через притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывал на принадлежность: Семьюшкин буквально значит «сын (или потомок) Семьюшки». Основа здесь — уменьшительно-ласкательная форма, а вот от какого именно имени или прозвища она пошла, исследователи спорят.

Наиболее правдоподобной выглядит версия, связывающая фамилию с каноническим именем Симеон, в народной русской традиции закрепившимся как Семен. Имя древнееврейского происхождения, его трактуют как «услышанный Богом в молитве». Уменьшительных форм у Семена в русском языке множество: Сема, Сеня, Семушка. От последней, через промежуточную форму Семьюша, и мог возникнуть фамильный корень. В этом случае Семьюшкин — один из «патронимических» вариантов, каких много: Семенов, Семин, Семушкин, Сенькин.

Существует и альтернативная гипотеза, которая выводит фамилию не от имени, а от прозвища Семьюша. Так в народе могли назвать главу большого семейства, человека, вокруг которого собирался многочисленный род. Крепкая семья на Руси всегда была ценностью, что отразилось в пословицах: «Вся семья вместе, так и душа на месте», «Семейное согласие всего дороже». Однако эта версия менее убедительна: прозвищная модель, где корень «семь-» означал бы именно «семья», в русской ономастике встречается реже, чем производные от крестильных имен. К тому же огласовка «Семьюша» естественнее выводится из имени Семен, чем из слова «семья».

Важная деталь: в написании фамилии встречается вариант Семьюшин, который нередко путают с Семьюшкиным. Обе формы восходят к одному корню, но разошлись в бытовом произношении: суффикс -ин и -кин дают разные окончания, хотя смысл одинаков — принадлежность потомку. Сама фамилия не слишком частая, она сохранила архаичную уменьшительную форму, которая сегодня почти вышла из употребления как самостоятельное имя, но закрепилась в родовом прозвании.