Фамилия Семешкин — из числа тех, что образованы от уменьшительно-ласкательной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). В народной речи имя Семён обросло множеством производных форм: Сема, Семка, Семушка, а также Семешко. Последняя, с суффиксом -ешк-, и дала начало фамилии. Модель простая: к основе «Семешк-» добавили типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Семешки). Такой способ образования — один из самых распространённых в северных и центральных областях России.

Стоит заметить, что суффикс -ешк- в русских именах несёт не только уменьшительное, но и ласкательное, а иногда и пренебрежительное значение (сравните: Ванюшка, Петрушка, Семешка). В данном случае, скорее всего, речь о домашнем, фамильярном обращении к Семёну, которое закрепилось за его потомками. В отличие от фамилий на -ов (Семёнов), которые часто носили крестьяне и духовенство, фамилии на -ин (Семешкин) в большинстве своём принадлежали простым людям — крестьянам, ремесленникам, посадским. Это не значит, что фамилия «низкая», но она указывает на происхождение из среды, где человека называли не по полному церковному имени, а по бытовому прозвищу.

Интересна и альтернативная, хотя и менее вероятная, версия. В некоторых говорах «семешка» могло означать не только человека, но и предмет — например, семечко или мелкое зерно. В таком случае прозвище Семешка мог получить человек маленького роста или худощавый. Однако эта гипотеза уступает основной: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от личных имён, а не от нарицательных слов. Если бы основой было слово «семечко», фамилия, скорее всего, звучала бы как Семечкин.

Географически фамилия Семешкин тяготеет к Поволжью и северо-востоку европейской части России. Встречается она нечасто, что объясняется сравнительной редкостью именно формы «Семешка» — куда привычнее были Семёнов, Семин, Сёмкин. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Нижегородской, Костромской и Вятской губерниях — регионах, где любили уменьшительные имена с суффиксами -ешк- и -ушк-.

Таким образом, Семешкин — это «сын Семешки», то есть потомок человека, которого в быту ласково или запросто звали Семешкой. Фамилия несёт на себе отпечаток народной речевой культуры, где полное имя часто уступало место короткому и тёплому прозвищу.