Фамилия Сеньченкина — женская форма от мужской фамилии Сеньченкин. В русской традиции такие фамилии образовывались от отчества или прозвища отца с помощью суффикса -ин, который указывал на принадлежность: «чей сын?» — Сеньченкин. Это типичная модель для центральных и южнорусских областей, где суффикс -ин активно конкурировал с -ов.

Основа фамилии — имя Сенька, уменьшительная форма от Семён. В крестьянской среде XIX века Семён было одним из самых распространённых имён, поэтому его производные дали множество фамилий: Семёнов, Семин, Сенькин, Сенченко, Сенявин. Сеньченкин отличается от них двойным уменьшительным суффиксом: сначала -к- (Сенька), затем -енк- (Сеньченка). Такая цепочка характерна для украинского или южнорусского влияния: суффикс -енко в украинском языке означает «маленький» или «сын», а в русском языке он мог перейти в фамилию через прозвище Сеньченка — «маленький Сенька». На письме фамилия закрепилась с русским окончанием -ин, хотя по происхождению стоит ближе к украинской модели.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, Сеньченкины встречаются в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — то есть в зоне исторического расселения, где смешивались русские и украинские говоры. Встречается также вариант Сеньченко, который более типичен для Украины.

Сословное происхождение фамилии — почти наверняка крестьянское. Дворянские роды с таким окончанием (-енкин) крайне редки, а в списках служилого дворянства эта фамилия не фиксируется. Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином или однодворцем, которого в документах записывали по отцу: «Иван Сеньченкин» означало «Иван, сын Сеньченки» (то есть сына Сеньки).