Фамилия Сеньченкова — женская форма, а мужская, Сеньченков, образована по стандартной для русских фамилий модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Сеньченков, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Сеньченко. Сама основа Сеньченко — это уменьшительно-ласкательная форма с типичным для украинской и южнорусской традиции суффиксом -енко, который означает «маленький», «сын» или «потомок». В основе лежит имя Сеня — разговорная форма крестильного имени Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»).

В украинской среде фамилии на -енко (Сеньченко, Семенченко, Сенченко) исторически были распространены как патронимы — обозначение детей по отцу. Если человек звался Сеньченко, это значило «Сенин сын» или «потомок Сени». При переходе в великорусскую среду такие фамилии часто русифицировали, добавляя окончание -ов для согласования с русской грамматикой: Сеньченко превращался в Сеньченков, то есть «из рода Сеньченко». Именно так и возникла фамилия Сеньченков.

Стоит учесть, что Сенька могло быть не только домашним именем, но и прозвищем. В русских говорах «сеня» иногда называли рассеянного или наивного человека, но это значение вторично и менее вероятно. Основной источник — церковное имя Семён, которое в народе давало множество производных: Семин, Семёнов, Сенькин, Сенченко. Фамилия Сеньченкова, таким образом, держится на двух этапах словообразования: сначала уменьшительное Сенька, затем отчество с украинским суффиксом -енко, а потом уже русское оформление.

Географически фамилия Сеньченков тяготеет к югу России и востоку Украины — территориям, где смешивались украинская и русская ономастика. Встречается она нечасто, что делает её интересным маркером: носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где фамилии на -енко были массовыми, а последующая русификация происходила при переездах или переписях. Сословной привязки нет: такие фамилии носили и рядовые крестьяне, и мещане.