Фамилия Сендега — редкий случай, когда прозвище или географическое название сохранилось в почти неизменном виде, без типичных русских суффиксов принадлежности. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые превращают имя в фамилию. Это так называемая «окаменевшая» форма, которая могла закрепиться у потомков без переоформления.

Корень «сендег» (или «сендега») скорее всего восходит к тюркским языкам. В тюркском «сендек» имеет значение «могила», «гробница», а в некоторых диалектах — «небольшой холм» или «курган». Прозвище Сендега могли дать человеку, жившему у такого холма, либо тому, кто отличался мрачным, замкнутым нравом (по ассоциации с «могильным» молчанием). Версия с географическим названием тоже правдоподобна: в Сибири и на Урале встречаются топонимы Сендега, Сендег — речки и урочища. Переселенец с такой речки мог получить прозвище по месту выхода.

Модель образования фамилии указывает на её возможное украинское или южнорусское происхождение. В этих регионах фамилии на -ага, -яга (Бондага, Телега) встречаются чаще, чем на севере. Суффикс -ег- в русских фамилиях обычно не продуктивен, что подтверждает заимствованную основу. Если бы фамилия формировалась в центральной России, она, скорее всего, звучала бы как Сендегов или Сендегин.

Фамилия крайне редкая, в списках массовых русских фамилий она не фигурирует. Её носители, по данным открытых источников, встречаются в основном на юге России и в Западной Сибири. Это согласуется с версией о тюркском корне и переселенческом характере прозвища. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей — в дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

Разбор фамилии осложняется тем, что в русском языке нет однокоренных слов, которые бы подсказали значение. Это делает версию с тюркским «сендек» наиболее обоснованной, хотя без точного знания диалекта, из которого пришло слово, остаётся доля предположения.