Фамилия Сеноженко образована от прозвища Сеножа, и корень здесь — не имя, а занятие. В основе лежит украинское слово «сіножать» — сенокос, место, где косят траву на сено. Глагол «сіножати» означал «косить траву на сено», поэтому прозвище Сеножа, скорее всего, закрепилось за косарем, человеком, чья работа была связана с заготовкой сена. Так основатель рода получил прозвище по ремеслу, которое затем перешло в фамилию.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, указывающий на «сына» или потомка. Первоначально Сеноженко означало «сын Сеножи». Такая модель образования фамилий была массовой на Левобережной Украине и в южнорусских землях, где украинское влияние было сильным. Поэтому география фамилии ожидаемо тяготеет к Украине и приграничным с ней областям России.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия. По ней, прозвище Сеножа возникло из искаженного «Косиногий» — так могли дразнить хромого человека или того, у кого ноги были колесом. Но эта гипотеза слабая: она требует двойной перестройки звуков (от «косиног» до «сенож»), тогда как связь с сенокосом лежит на поверхности и не нуждается в натяжках. Скорее всего, версию о «Косиногом» придумали задним числом, чтобы объяснить необычное звучание, но она не выдерживает проверки словообразованием.

Прозвище Сеножа, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его — и в быту, и в официальных документах. Это обычная история для XVI–XVII веков, когда прозвища вытесняли крестильные имена и закреплялись за родом. Кем был первый Сеножа — косарь или владелец сенокосных угодий, — сказать точно нельзя, но оба варианта укладываются в аграрный быт, где сено было стратегическим ресурсом для прокорма скота.

В написании фамилия сохранила украинскую фонетику: «е» в корне вместо ожидаемого русского «и» (ср. «синокос»), что еще раз подтверждает ее происхождение с территории современной Украины. В русских документах фамилию не переделывали, оставив в исходном виде, поэтому она и сегодня звучит как маркер украинского корня рода.