Фамилия Сеноженская — это женская форма от Сеноженский, а та, в свою очередь, типичная «географическая» фамилия дворянского или духовного происхождения, образованная по модели «местность + -ский». Суффикс -ск- указывает на связь с топонимом: такую фамилию получал помещик по названию своего имения или священник по названию села, где служил. Основа здесь — «Сеножа» или «Сеножи», то есть населённый пункт, название которого, скорее всего, произошло от слова «сеножать» — покос, луг, где косят сено. В говорах «сеножа» могло означать и само сенокосное угодье, и место, где сушат сено.

В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ский в XVII–XIX веках чаще всего закреплялись за шляхтой (в Речи Посполитой), русским дворянством и духовенством. Сеноженские могли быть выходцами из села Сеножа (такие топонимы встречаются на Украине, в Белоруссии и в западных областях России). Например, в Черниговской губернии известно село Сеножатское, а в бывшей Могилёвской губернии — урочище Сеножа. Если фамилия принадлежала священнику, то он получал её при поступлении в семинарию по названию прихода — такая практика была обычной для духовных училищ.

Интересная деталь: ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Сенóженская, что типично для топонимических фамилий с суффиксом -енск- (сравните: Острóженский, Загóрский). Встречающееся иногда написание через «а» (Сенаженская) — результат аканья в устной речи, но исторически верная форма через «о», поскольку корень связан с «сено».

Мужская форма фамилии — Сеноженский — фиксируется в списках дворянских родов Царства Польского и в метрических книгах Киевской губернии. Носители этой фамилии не принадлежали к титулованной аристократии, но могли быть мелкопоместными дворянами или священниками. Однокоренные фамилии — Сеножатский, Сеножацкий, Сеножатный — все они отсылают к одному и тому же сельскохозяйственному реалию: сенокосу, лугу, пастбищу.