Фамилия Сепягина — это женская форма, а её мужской вариант — Сепягин. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть на модель «корень + суффикс -ин». Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Значит, в основе лежит прозвище или некалендарное имя Сепяга.

Корень «Сеп-» здесь неочевиден. Самый вероятный источник — диалектное слово «сепель» или «сепеть». В южнорусских и, особенно, в рязанских говорах «сепеть» означало «сипеть», «говорить хрипло», а «сепель» — это человек с сиплым, хриплым голосом. Отсюда легко образовалось прозвище Сепяга: суффикс -яга характерен для просторечных, часто пренебрежительных или уменьшительных форм (сравните: бродяга, бедняга, работяга). Таким образом, Сепяга — это «сиплый», «тот, кто сепит».

Есть и другая, менее распространённая версия, связывающая фамилию с финно-угорским субстратом. В коми-пермяцком языке «сеп» — это «сердце» или «сердечный», а -яга может быть вариантом суффикса принадлежности. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Сепягин встречается в основном в центральных областях России, а не на Урале или в Прикамье; во-вторых, модель образования прозвищ от физических недостатков (хрипота, заикание) гораздо типичнее для русской антропонимии, чем заимствование из коми-языка с таким же суффиксом.

Географически фамилия Сепягин редкая, но её очаги прослеживаются в Рязанской, Тамбовской и Пензенской областях. Это как раз зона бытования тех говоров, где «сепеть» было в ходу. Социальный состав носителей в XIX веке, судя по архивным данным переписей, — преимущественно крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «прозвищное» происхождение из народной среды.

В написании фамилия устойчива: вариант «Сипягин» (от «сипеть») встречается, но значительно реже и считается самостоятельной, хотя и однокоренной, фамилией. Сепягина — это «дочь или жена того самого Сепяги», прозванного за хриплый голос.