Фамилия Серебенников — один из тех случаев, когда написание сбивает с толку, а происхождение оказывается прозрачнее, чем кажется. В основе лежит слово «серебро», но не прямое, а через профессиональное прозвище. В старину серебреником (или серебряником) называли мастера, работавшего с серебром: ювелира, чеканщика, монетчика. Суффикс -ник указывал на человека по роду занятий, а фамилии на -ов/-ев образовывались от таких прозвищ стандартно: Серебреников — «сын серебреника». Однако в фамилии Серебенников произошла типичная для русской народной речи замена: безударное «я» или «е» перешло в «е», а сочетание -енн- закрепилось на письме. То есть Серебенников — это фонетический вариант от той же основы, что и более распространённая фамилия Серебреников.

Словообразовательная модель здесь классическая: основа «серебрен(н)ик» плюс притяжательный суффикс -ов. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей?»: сын или потомок серебреника. В говорах, особенно северных и вологодских, форма «серебренник» (с двойным «н») встречалась как вариант «серебряника» — так называли не только ювелира, но и ремесленника, который лудил посуду или покрывал её оловом, что внешне напоминало серебрение. Поэтому предок носителя фамилии мог быть не обязательно мастером по драгоценному металлу, а, скажем, лудильщиком или даже торговцем серебряными изделиями.

Географически фамилия Серебенников тяготеет к центральным и северо-западным областям России, но не имеет ярко выраженного ареала. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Серебреник, но фамилия в современном написании фиксируется позже — в XIX веке, когда сословные рамки стали размываться, а фамилии закреплялись за бывшими государственными крестьянами и мещанами. Параллельно существовала форма Серебряников, которая ближе к литературной норме, но Серебенников — живой диалектный след, сохранивший произношение той среды, где говорили «серебро» с твёрдым «р» и редуцированными гласными.

Ошибочно связывать фамилию с «серебенником» как названием инструмента или растения — таких значений в русском языке нет. Единственный правдоподобный корень — ремесло, связанное с серебром. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Серебенников стоит в одном ряду с Серебряковым, Серебровым, Серебренниковым (через «е» после «р»), но отличается от них именно суффиксальным оформлением. Серебренников, кстати, — более частая фамилия, и её носители (например, известный актёр) создают иллюзию, что все варианты пишутся через «е» после «р». На деле же старые метрические книги фиксируют обе формы даже в одной волости, что подтверждает: разница чисто орфографическая и диалектная.