Фамилия Сейдимханов — яркий пример того, как в русской фамилии сохранилась память о восточных корнях и мусульманской традиции именования. Её основа — сложное имя Сейдимхан, которое состоит из двух частей: «Сейдим» и «хан».

Первая часть, «Сейдим», восходит к арабскому «Сейид» (или «Саид») — «господин», «повелитель», «почтенный». В исламском мире сейидами называли потомков пророка Мухаммеда, поэтому имя несло высокий социальный и религиозный статус. Форма «Сейдим» — это, скорее всего, тюркская адаптация с притяжательным аффиксом «-им» («мой господин»), что характерно для народов, испытавших влияние ислама через тюркскую среду (туркмены, казахи, каракалпаки, ногайцы).

Вторая часть — «хан» — тюркский титул верховного правителя, военного вождя. В составе личных имён он часто выступал как пожелание могущества или как указание на знатное происхождение. Таким образом, имя Сейдимхан можно перевести как «мой господин-хан» или «почтенный хан» — это имя-комплимент, которое давали мальчикам в знак уважения к их роду.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Сейдимхан добавили патронимический суффикс -ов, который в данном случае отвечает на вопрос «чей?» — «сын Сейдимхана». Такая модель типична для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи и получали фамилии по русскому образцу.

Географически фамилия Сейдимханов чаще всего встречается среди туркмен, а также у некоторых народов Дагестана (например, ногайцев и кумыков). Встречаются варианты написания: Сейдимханов, Сейдиханов, Сейтмуханов — они зависят от диалектного произношения и особенностей записи в советских паспортах. Редкость фамилии объясняется тем, что она образована от не самого распространённого составного имени, а не от простого, вроде «Али» или «Магомед».