Фамилия Сейдин — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «сейд-» с ясным лексическим значением, поэтому искать происхождение стоит за пределами восточнославянского антропонимикона. Первое, что бросается в глаза — фамилия образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Сейдин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Сейда. Но откуда взялось это имя?

Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам. В них слово «сейид» (варианты: сеид, сайид) — почётный титул, который носят потомки пророка Мухаммеда через его внуков Хасана и Хусейна. У народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии это имя и сегодня встречается как личное. Если предок носителя фамилии был татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, его могли звать Сейид, а на русской почве имя адаптировали до формы Сейда, от которой и пошла фамилия Сейдин. Суффикс -ин в данном случае — чисто русский способ оформления фамилии, типичный для регионов с активным межэтническим контактом, например, для Казанской, Астраханской или Оренбургской губерний.

Есть и менее очевидная, но лингвистически возможная версия — связь с арабским корнем «садд» (سدّ), означающим «преграда», «заслон». В этом случае Сейда могло быть прозвищем человека, жившего у плотины или занимавшегося строительством запруд. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет, почему прозвище с арабским корнем могло закрепиться именно в русской среде, а не в тюркской, где титул «сейид» был широко распространён.

Географически фамилия Сейдин встречается редко, но её очаги прослеживаются в тех регионах, где исторически жили татары и башкиры, а также в среде горских евреев, где имя Сейид также известно. В дореволюционных записях эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или малой численности рода. Однозначно определить сословную принадлежность предков невозможно: носителями титула «сейид» могли быть как духовные лица, так и простые крестьяне, особенно после того, как имя потеряло сакральный смысл и стало бытовым. Таким образом, фамилия Сейдин — это, скорее всего, русифицированная форма тюркского имени, указывающая на восточные корни родоначальника.