Фамилия Сейдюкова — редкий случай, когда географический корень просматривается яснее, чем прозвищный. Её основа «Сейдюк» — это, скорее всего, вариант тюркского имени Сейит (арабское «господин», «повелитель»), которое у крымских татар и в некоторых тюркских диалектах могло звучать как Сейдюк. Прибавление аффикса -юк характерно для южнобережных говоров Крыма: это уменьшительно-ласкательная форма, как, например, Абдюк от Абдулла. Таким образом, Сейдюк — это не прозвище, а ласковое именование человека, которого уважительно называли Сейидом.

Модель образования типична для русского Северного Кавказа, Приазовья и Кубани: суффикс -ов/-ев, который присоединяли к тюркским основам, когда записывали фамилии при крещении или переписи. Сейдюкова — женская форма, мужская — Сейдюков. Фамилия могла появиться у потомков ногайцев, кумыков или крымских татар, которые переходили на оседлость и получали фамилии по имени отца.

Другая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркским «сейдюк» — «любимый», «возлюбленный». Но в этом случае фамилия была бы более распространена, а редкие носители говорят в пользу именной гипотезы. Сословная принадлежность неясна: среди носителей могли быть как крестьяне, так и мелкие служилые люди, но однозначных данных нет.

В современной России фамилия встречается единично, в основном на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму. Это типичный пример фамилии, которая сохранила память о дореволюционном этническом и языковом смешении.