Фамилия Сейдирзаев — редкий пример тюркско-иранского сплава, в котором за звучанием кроется сложная родословная. Её основа — составное имя Сейдирза, которое распадается на две части: «Сейд» (араб. سيد — господин, потомок пророка Мухаммада) и «ирза» (от перс. رضا — довольство, согласие, а также одно из имён Аллаха). В тюркской среде, особенно у азербайджанцев и народов Дагестана, такие конструкции не редкость: к сакральному компоненту «сеид» добавляли имя Ирза (или Рза), подчёркивая религиозный статус и благочестие. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии по патронимической модели: Сейдирзаев буквально значит «сын Сейдирзы».

Скорее всего, фамилия сложилась в среде мусульманских народов Кавказа или Закавказья, где традиция вести род от сеидов (потомков пророка) сохраняла социальный вес. Носитель имени Сейдирза мог быть уважаемым человеком — духовным лицом, старшиной или просто верующим, получившим имя в честь деда. Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном бытовании: вероятно, она встречается в Азербайджане, среди лезгин или татов, а в России — в среде выходцев из этих регионов.

Интересна фонетическая особенность: в некоторых диалектах имя могло звучать как Сеидрза или Сейдирза, с выпадением гласного. Вариант «Сейдирзаев» закрепился в документах, возможно, при переписи населения в XIX — начале XX века, когда русские чиновники записывали фамилии на слух. Других версий происхождения, кроме как от личного имени, нет — это типичная патронимическая фамилия, без прозвищной или профессиональной подоплёки.

Если искать однокоренные параллели, то в той же среде встречаются фамилии Сейидов, Сеидов, Рзаев — все они образованы от тех же корней. Сейдирзаев стоит особняком именно из-за сращения двух имён в одно, что встречается реже, чем простое прибавление суффикса к одиночному имени. Для носителя фамилии это означает, что предок носил составное имя, подчёркивающее одновременно и высокий род, и религиозное смирение.