Фамилия Сейкина — женская форма фамилии Сейкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Сейка. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Сейки). В русской ономастике это один из самых распространённых патронимических суффиксов, но сама основа «Сейк-» встречается нечасто, что делает фамилию заметной на фоне типовых Ивановых и Петровых.

Корень «Сейк-» скорее всего восходит к диалектному или просторечному варианту имени. Самое вероятное объяснение — это усечённая форма от канонического имени Сергей. В народной речи Сергея могли называть Серёга, Серёжка, а в некоторых говорах — Сейка (через чередование «р» и «й» или через влияние других форм). Такое стяжение характерно для северных и сибирских говоров, где имя Сергей нередко произносили как «Сейгей», отсюда и уменьшительное «Сейка». Похожий путь прошли фамилии Сейкин и Сейков, которые встречаются в тех же регионах.

Вторая гипотеза, менее распространённая, связывает основу с тюркскими корнями. В языках тюркской группы «сей» или «сейке» может означать «говорить», «речь» или быть частью составных имён. Однако для фамилии Сейкина, которая устойчиво фиксируется в русских документах, эта версия выглядит натянутой: нет массовых примеров бытования фамилии в татарской или башкирской среде, а суффикс -ин типичен именно для великорусской модели образования фамилий.

Географически фамилия Сейкина тяготеет к северо-востоку России. По данным переписей и архивных записей XIX–XX веков, носители фамилии чаще всего встречались в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих краях были распространены местные варианты имени Сергей — Сейка и Сейко. Встречаются единичные записи и в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы из северных губерний.

Сословная принадлежность у Сейкиных не была однородной. В основном это крестьяне, реже — мещане или купцы. Например, в метрических книгах Вологодской губернии можно найти запись о крестьянине Сейкине, который числился в приходе одной из церквей. Фамилия не была дворянской и не попала в «Бархатную книгу», так что её носители — простые люди, чьё прозвище когда-то закрепилось за родом.