Фамилия Сейкова — женская форма от Сейков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от имени или прозвища отца. В основе лежит мужское имя или прозвище Сейко (Сейка), а суффикс -к- здесь уменьшительный, как в «Ванька» или «Петька». То есть Сейков — буквально «сын Сейки», а Сейкова — его дочь или жена.

Самое сложное — корень «Сей-». Он редок, и единого мнения о его происхождении нет. Самая вероятная версия: это вариант крестильного имени Севастьян (через народные формы Севей, Сей). В русских говорах имя Севастьян нередко сокращали до Сей, а затем добавляли уменьшительный суффикс. В пользу этого говорит и то, что фамилия Сейков встречается в регионах, где были распространены такие сокращения — например, в бывших вотчинах Новгорода и в северных уездах.

Менее правдоподобная, но возможная версия — от прозвища Сей, связанного с диалектным глаголом «сеять» (в значении «рассеивать, разбрасывать»). Прозвище могли дать человеку неаккуратному или, наоборот, хлеборобу. Однако эта гипотеза слабее: ударение в фамилии обычно падает на первый слог (Се́йков), а в глагольных прозвищах чаще встречается ударное окончание (Сейко́в).

Географически фамилия Сейкова (и Сейков) тяготеет к Курской, Белгородской областям и к востоку Украины. Это объяснимо: в южнорусских говорах имя Севастьян как раз переделывали в Сей. Встречается она и у староверов, которые часто сохраняли архаичные формы имён.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Сейков стоит в одном ряду с Сейкин, Сейчук, Сейко — все они образованы от того же корня, но разными суффиксами. Сейкова, таким образом, не «женская версия чужой фамилии», а полноправная часть этой словообразовательной цепочки, просто закреплённая в документах за женщинами.