Фамилия Сейко звучит кратко и необычно для русского уха, но её происхождение, скорее всего, связано с украинской или белорусской традицией образования фамилий. В основе лежит не имя, а прозвище, которое давали человеку с определёнными чертами характера или внешности.

Ключ к разгадке — суффикс «-ко». В украинском и белорусском языках этот суффикс (наряду с «-енко», «-ук») был одним из самых распространённых при создании фамилий. Он указывал на принадлежность к роду: «чей?» — «Сейков», «Сейчин», но в западнорусских землях закрепилась форма «Сейко». Основа «Сей» восходит к глаголу «сеять» или существительному «сей» (в значении «этот»). Однако наиболее вероятна связь с украинским словом «сіяти» — «сиять». В таком случае прозвище Сей (или Сейко) мог получить человек с весёлым, «сияющим» нравом, либо, напротив, тот, кто выделялся внешне, например, румяным лицом. В украинском языке есть и слово «сійка» — так называли мелкую рыбёшку, что тоже могло стать источником шутливого прозвища для невысокого или юркого человека.

Стоит рассмотреть и другую, менее распространённую версию. В польском языке есть слово «sej» (сейм, совет), но в качестве прозвища оно почти не встречается. Гораздо интереснее, что фамилия Сейко встречается и у японцев (как транскрипция имён Сэйко или Сэйко), но это уже совершенно другая, не славянская история. Если носитель фамилии из России, Украины или Беларуси, корни почти наверняка лежат в украинском прозвище от «сіяти».

Фамилия не относится к дворянским или аристократическим, её носители — потомки крестьян, казаков или мещан, живших на территории современной Центральной и Восточной Украины, а также в южных областях Беларуси. В России она встречается редко и, как правило, указывает на миграцию предков из этих регионов.