Фамилия Сей — редкий случай в русском ономастиконе, когда корни фамилии уводят не в славянские земли, а к берегам Балтики и финскому языку. Вопреки ожиданиям, в основе лежит не личное имя, а промысловое слово: по наиболее убедительной версии, фамилия восходит к финскому sei — «сайда», так называют промысловую рыбу семейства тресковых, которая водится у северных берегов Финляндии. Предком носителя фамилии, вероятно, был помор или чухонец, чей промысел — ловля сайды и другой рыбы — стал определяющим для всей семьи.

Впрочем, есть и более житейское объяснение. Сайда отличается крупной нижней челюстью, поэтому прозвище Сей могли дать человеку с такой же приметной внешностью — в насмешку или просто как меткую характеристику. Различить, что стало источником фамилии — род занятий или внешность предка, — сегодня уже невозможно, но обе версии логичны и не противоречат друг другу.

Существует и третья гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, фамилия имеет западноевропейские корни и происходит от итальянского числительного sei — «шесть». Якобы так прозвали шестого ребенка в семье. Однако эта версия не выдерживает критики: слишком уж далека Италия от русского Севера, где фамилия встречается чаще всего, и слишком мало оснований связывать её с итальянским языком.

Отдельного внимания заслуживает история бытования фамилии в русской среде. Ряд старинных русских родов претендовал на финское происхождение, опираясь на фантастические генеалогии, модные в XVII веке. Но в случае с фамилией Сей этимология устанавливается с несомненной подлинностью: слишком прямое и очевидное указание на северный промысел несёт в себе это короткое слово.