Фамилия Сейле — редкая для России, и её происхождение ведёт не в славянскую, а в тюркскую или кавказскую среду. В основе лежит тюркское слово «сейле» (или «сейля»), которое в разных диалектах означает «поток», «ручей» или «сель» — грязевой бурный поток после ливня. Человек мог получить прозвище Сейле за характер — бурный, стремительный, неуёмный, либо по месту жительства у горной речки или оврага, где часто сходили сели.

Суффикс в фамилии отсутствует — это чистая основа, что характерно для фамилий, заимствованных из языков, где не было обязательного русского патронимического форманта (-ов, -ев, -ин). Такая модель встречается у фамилий тюркского и кавказского происхождения: например, у кумыков, ногайцев, балкарцев или карачаевцев. Фамилия Сейле могла быть записана в русских документах «как слышалась», без добавления окончания, что и закрепилось в паспорте.

Есть и другая версия — связь с арабским именем Сайль (от корня «сайла» — «течь», «литься»), которое в мусульманских семьях давали мальчикам. В этом случае фамилия Сейле могла образоваться от имени предка, но через тюркское посредничество. Однако эта гипотеза менее вероятна: фамилии от арабских имён в России обычно получали русские суффиксы (Сайлов, Сайлин), а чистая основа Сейле указывает на более прямую фиксацию прозвища, а не имени.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью — регионам, где веками жили тюркоязычные народы. Встречается она и у калмыков, где «сейле» может быть искажением калмыцкого слова со значением «красивый» или «хороший». Таким образом, предки носителя фамилии Сейле с высокой вероятностью были горцами, степняками или жителями предгорий, и прозвище отражало либо природную черту местности, либо особенность натуры самого человека.