Фамилия Сейткожаев ведёт начало от сложного имени Сейткожа, которое состоит из двух тюркских корней. Первый — «сейт» — восходит к арабскому «саййид» (господин, потомок пророка Мухаммеда). Второй — «кожа» — тоже арабского происхождения (хваджа — господин, хозяин, учитель). Получается, что имя Сейткожа — это удвоенное обозначение почтенного, знатного человека, духовного лица. Такие составные имена (с повторяющимся значением) встречаются в казахской и других тюркских антропонимических традициях, где одно имя могло усиливать другое.

Суффикс -ев указывает на типичную для русской паспортной системы адаптацию тюркских фамилий в XIX–XX веках. В оригинале, по казахской модели, фамилия могла бы звучать как Сейткожаев, Сейткожаұлы или просто Сейткожа, но при оформлении документов в Российской империи и СССР добавили стандартный русский суффикс принадлежности. Таким образом, Сейткожаев — это «сын (потомок) Сейткожи».

Географически фамилия почти полностью привязана к Казахстану, особенно к южным областям (Туркестанская, Кызылординская, Жамбылская), где сильны традиции почитания святых и религиозных учителей — ишан, ходжа. Носители фамилии, как правило, принадлежат к роду (ру) Ходжа, который ведёт происхождение от арабских проповедников ислама. Поэтому предки Сейткожаевых с высокой вероятностью были представителями духовного сословия: муллами, имамами, учителями медресе.

В отличие от фамилий, образованных от бытовых прозвищ или ремёсел, Сейткожаев несёт в себе чёткий социальный маркер. Она почти не встречается за пределами Центральной Азии, а её написание в русской транскрипции закрепилось именно в форме с «е» после «т» — хотя в казахской латинице или арабице возможны варианты Сейткожин, Сейткожаев, Сәйітқожаев. Известных широкой публике носителей этой фамилии нет — это редкая, локальная фамилия, сохранившая память о религиозном статусе предков.