Фамилия Шабаканова — женская форма мужской фамилии Шабаканов. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу или имени. Если разобрать слово «шабакан», то в основе лежит корень «шабак» (или «шапак»), который в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает «сумерки», «вечерняя заря» или «рассвет». Так могли прозвать человека, родившегося на закате или на утренней заре, либо того, чья внешность или характер ассоциировались с этим временем суток.

Суффикс «-ан» в тюркских именах часто выполняет функцию уменьшительно-ласкательного или усилительного оттенка. То есть «Шабак» — это основа, а «Шабакан» — ласкательная или прозвищная форма: «вечерний», «сумеречный». Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе «Шабакан» добавили русский суффикс принадлежности «-ов», что буквально означает «сын Шабакана». Окончание «-а» указывает на женский род.

Географически фамилия Шабакановы встречаются в регионах с тюркским населением и в зонах смешанного проживания русских и татар: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Астраханской областях. Встречается вариант написания «Шабаканов» через «а» во втором слоге, что подтверждает тюркское происхождение (в отличие от возможного ошибочного написания через «о» — «Шобоканов»).

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках «шабак» также означает «мелкая рыба» (например, плотва или уклейка). Однако эта версия менее вероятна для прозвища — рыбацкие фамилии обычно образовывались от названий крупной промысловой рыбы (Сазанов, Осетров), а не от мелочи. Более правдоподобно связывать фамилию именно со временем суток, так как в восточной традиции называть детей по времени рождения было распространено (сравните: Таңатар — «родившийся на заре», Ахшам — «вечер»).