Фамилия Шабатоков — редкий случай, когда адыгское (черкесское) происхождение почти не вызывает споров. В основе лежит мужское имя Шабаток, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому или арабскому имени Шабат (Шабат) с добавлением адыгского патронимического суффикса -ок (-ук). Этот суффикс характерен для кабардино-черкесской модели образования фамилий: он указывает на принадлежность к роду или потомку человека по имени Шабат (ср. Батменоков, Тлеужоков). Таким образом, Шабатоков буквально означает «потомок Шабата» или «из рода Шабата».

Имя Шабат, от которого пошла фамилия, имеет два основных толкования. Первое — тюркское, от слова «шабат» (крепкий, стойкий, выносливый). Второе — арабское, от имени Шабат (суббота), что в мусульманской традиции могло означать «рождённый в субботу». Оба варианта правдоподобны, но тюркский кажется более органичным для адыгской среды, где имена тюркского происхождения (как и арабского) были распространены веками. Суббота не имела у горцев особого сакрального значения, поэтому «стойкий» — версия предпочтительнее.

Географически фамилия привязана к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и у балкарцев, что объяснимо: адыгские и тюркские народы на Кавказе веками жили рядом, обменивались именами и фамильными моделями. Однако именно адыгский суффикс -ок выдаёт первичную этническую принадлежность носителей. В русской записи фамилия получила стандартное окончание -ов, которое не несёт смысловой нагрузки — это чисто канцелярская адаптация к паспортной системе Российской империи.

Социальный состав предков Шабатоковых, скорее всего, был крестьянским или узденским (свободные общинники). В адыгском обществе фамилии с суффиксом -ок редко указывали на княжеское происхождение — это были родовые имена рядовых горцев. Никаких документально подтверждённых знаменитых носителей фамилии в открытых источниках нет, что типично для локальных кавказских фамилий: их история — не в громких титулах, а в устойчивости рода на одной земле на протяжении нескольких столетий.