Фамилия Шабиханова — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия несёт в себе топонимический и этнический след. Основа «Шабихан» — это не древнерусское имя, а, скорее всего, искажённое или адаптированное название населённого пункта или местности.

Самый вероятный источник — топоним Шабихан, который встречается в нескольких вариантах в Средней Азии, в частности в Узбекистане и Туркменистане. В таком случае фамилия указывает на происхождение предка из этого селения. Окончание -ов типично для русификации фамилий тюркских и иранских народов в XIX–XX веках, когда при оформлении документов к местной основе добавляли русский патронимический суффикс. Таким образом, Шабиханова — это «дочь Шабихана» или «из рода Шабихановых», где Шабихан — либо название места, либо личное имя, распространённое у тюркских народов (от «шах» — правитель и «хан» — владыка).

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия происходит от персидского имени Шабихан («ночной хан» или «ночной правитель»), которое могло быть прозвищем или почётным титулом. Однако в русской ономастике фамилии с таким корнем практически не встречаются в центральных губерниях, что подтверждает её позднее, региональное происхождение.

Словообразовательная модель проста: корень Шабихан- + суффикс -ов. Фамилия женского рода, мужской вариант — Шабиханов. Если смотреть на географию бытования, то носители фамилии в России сосредоточены в основном в республиках Северного Кавказа (Дагестан, Чечня) и в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), что косвенно подтверждает тюркский или иранский след. Сословно предки, скорее всего, были свободными крестьянами или мещанами, так как фамилии на -ов у тюркских народов часто оформляли при переходе в оседлость или при получении паспортов.

Единственная деталь, которая выделяет Шабиханову среди похожих фамилий — отсутствие распространённого суффикса -ский, который указывал бы на дворянское или церковное происхождение. Это чисто «народная» фамилия, образованная от реального географического названия, а не от календарного имени.