Фамилия Шабункин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Шабункин, то есть сын Шабуна). Суффикс -ин характерен для фамилий, основа которых оканчивается на -а или -я, и в данном случае он присоединён к основе «Шабун-».

Корень фамилии — «шабун» — не имеет однозначного толкования, и здесь возможны две основные версии. Первая, наиболее вероятная, связывает его с диалектным словом «шабала» или «шабура», которое в северных и сибирских говорах означало «ветошь», «лохмотья», «небрежно одетый человек», а также «бездельник» или «шалопай». В таком случае Шабун — это прозвище человека неопрятного или беспечного. Вторая версия отсылает к тюркскому корню «шаб» (шах, господин) с уменьшительным суффиксом -ун, но это менее убедительно: фамилия имеет ярко выраженную русскую словообразовательную структуру, и тюркская основа в ней почти не прослеживается.

Фамилия Шабункин — довольно редкая. Её географическое распространение сосредоточено преимущественно в центральной России, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях, где диалектная лексика с корнем «шаб-» была в ходу. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по внешнему виду или поведению.

Интересно, что фамилия Шабункин стоит в одном ряду с однокоренными, но более частыми Шабалиным, Шабуровым, Шабановым. Все они восходят к одной диалектной основе, но различаются суффиксами, что говорит о разных вариантах прозвища в разных местностях. Шабункин — один из таких локальных вариантов, который сохранил исходную форму с суффиксом -ун, редким для фамилий, но типичным для прозвищ (ср. Болтун, Говорун).

Таким образом, фамилия Шабункин — это не застывшая загадка, а живое свидетельство народной речи: предок носителя этой фамилии, по всей видимости, был человеком, которого в деревне прозвали Шабуном за небрежный вид или беспечный нрав, и это прозвище закрепилось за его потомками.