Фамилия Шадрухин образована от прозвища Шадруха, которое восходит к слову «шадра». В некоторых русских диалектах так называют оспу. Скорее всего, Шадрухой прозвали человека, перенесшего оспу – инфекционное заболевание, известное с древних времен. А у людей, переболевших ей, на коже оставались следы, которые были заметным признаком, помогающим выделить человека из сообщества. По другой версии, фамилия Шадрухин образована от географического названия Шадруха (так называется село в Алтайском крае). Выходец из этого населённого пункта мог получить фамилию Шадрухин. Так и прозвище Шадруха закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шадрухин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шадруха, со временем получил фамилию Шадрухин.