Фамилия Шадуйко звучит редко и сразу привлекает внимание своей структурой. Это типичный пример фамилии, образованной по западноукраинской или белорусской модели с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к- и окончания -о. Такая модель (основа + суффикс -к- + -о) характерна для фамилий, которые в русской традиции часто ошибочно принимают за «украинские», хотя они распространены и на юго-западе Беларуси.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Шадуй. Самая вероятная версия: это форма крестильного имени Садок (Саддук, от древнееврейского «праведный»), где начальное «С» перешло в «Ш» под влиянием местного произношения (так называемое «шоканье»). В польском и западнорусском говорах «Садок» могло звучать как «Шадук», а затем превратиться в Шадуй — через отпадение конечного «к» или через народную этимологию, где имя подстроили под более привычное окончание -уй. Сравните с фамилиями Шадура, Шадурский — все они из того же гнезда.

Менее вероятная, но не исключённая версия: от прозвища Шадуй, связанного с диалектным глаголом «шадить» (щадить, беречь) или с польским szadzić (сеять, разбрасывать). В таком случае прозвище мог получить человек бережливый, экономный или, наоборот, расточительный. Однако лингвисты чаще склоняются к версии с именем Садок, так как прозвищ на -уй в этой местности немного, а адаптация библейских имён — процесс массовый.

Географически фамилия Шадуйко привязана к Гродненской и Брестской областям Беларуси, а также к приграничным районам Польши (Подляшье). Встречается она и на западе Украины, но реже. Носители фамилии — потомки крестьян или мещан, так как суффикс -к-о в фамилиях указывает на простонародное происхождение: дворянские и шляхетские фамилии в этом регионе обычно оканчивались на -ский или -ович.

Таким образом, Шадуйко — это «маленький Шадуй», то есть сын или потомок человека по имени Садок (в местном произношении Шадуй). Фамилия сохранила живую народную фонетику и не подверглась русификации, поэтому по ней можно точно определить регион происхождения предков — юго-западная Беларусь или восточная Польша.