Фамилия Шафагутдинова — женская форма от мужской фамилии Шафагутдинов. Её основа — сложное арабско-тюркское имя Шафагутдин. Разберём его: первая часть «шафаг» восходит к арабскому слову «шафака» (شفقة) — сострадание, милосердие, жалость. Вторая часть — «утдин» (от арабского «ад-дин» — религия, вера). В сумме имя означает «милосердие веры» или «сострадание религии». Это типичное для мусульманского мира теофорное имя, прославляющее одно из качеств, связанных с исламом.

Фамилия образована по русской модели: к основе Шафагутдин добавили патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). Такая схема — отцовское имя + -ов — стала массово закрепляться за татарами, башкирами и другими тюркскими народами в конце XIX — начале XX века, когда Российская империя вводила обязательные фамилии для всех подданных. До этого у многих мусульманских народов фамилий не было, человека обозначали по имени отца: Шафагутдин улы (сын Шафагутдина). При переписях и паспортизации эту формулу превратили в фамилию.

Географически фамилия Шафагутдинова (и её мужской вариант) чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарской диаспоры в других регионах России. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Шафагутдинов, что связано с особенностями произношения в разных диалектах татарского языка. Родственная фамилия — Шафигуллин, где первая часть «шафиг» означает «заступник», что близко по смыслу к «милосердию».

Предки современных Шафагутдиновых были, скорее всего, людьми верующими: имя давали ребёнку, желая ему быть милосердным в делах веры. Сословно это могли быть как крестьяне, так и торговцы или духовные лица — исламские имена в тюркской среде встречались у всех слоёв, так что социальный статус предка по одной фамилии не определить.