Фамилия Шафахутдинова — женская форма от мужской Шафахутдинов, и это почти всегда указывает на мусульманское происхождение, скорее всего татарское или башкирское. Основа фамилии — сложное арабское имя Шафахутдин, которое в исламской традиции означает «заступник веры» или «тот, кто просит заступничества для веры». Разбираем имя на части: «шафа’а» (заступничество, ходатайство) и «ад-дин» (вера, религия). В мусульманской ономастике такие композиты типичны: имена, образованные от качеств веры (сравните Нурутдин — «свет веры», Сайфутдин — «меч веры»). Фамилию образовали по русской модели: к основе Шафахутдин прибавили суффикс -ов, который адаптировал восточное имя под русскую систему отчеств и фамилий. Женская форма получила окончание -а.

Суффикс -ов/-ев — самый распространённый в русских фамилиях, но здесь он работает как маркер русификации: в тюркской среде фамилии часто образовывали без суффикса (просто имя отца), а с присоединением к Российской империи в XIX веке татары и башкиры массово получали фамилии по русскому образцу. Так Шафахутдинов — это не «сын Шафахутдина» в прямом смысле, а скорее «из рода Шафахутдина», закреплённое документально.

По географии фамилия сосредоточена в регионах с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также в диаспорах за Уралом. Встречаемость невысокая, что говорит о сравнительно редком исходном имени. Интересная деталь: имя Шафахутдин не такое частое, как, скажем, Миннуллин или Хасанов; оно могло принадлежать мулле или человеку, известному благочестием, — в дореволюционных метрических книгах медресе такие имена давали детям в семьях с религиозным уклоном. Вариант написания с буквой «ф» (Шафахутдинов) — норма, хотя в татарском произношении возможен звук, близкий к «п» (Шапахутдинов), но в документах закрепился именно русский вариант с «ф».

Таким образом, фамилия Шафахутдинова — это русифицированная форма арабского имени с религиозным смыслом, типичная для татарских и башкирских фамилий, возникшая в XIX веке. Носительница этой фамилии с высокой вероятностью происходит из семьи, где предок носил имя, связанное с исламским богословием.