Фамилия Шафен — редкий для России случай, когда фамилия практически без изменений перешла из языка-источника. В ней нет русского суффикса (-ов, -ин, -ский), который обычно «обрусел» бы немецкую или еврейскую основу. Это указывает на позднее появление фамилии в документах, скорее всего, не раньше второй половины XIX века, когда фиксация фамилий шла уже по паспортам, а не через переосмысление на русской почве.

Корень фамилии — немецкое слово Schaf (овца) с суффиксом принадлежности -en. Буквально «Шафен» можно перевести как «овечий» или «относящийся к овце». Чаще всего такие фамилии в Германии давали по роду занятий: пастуху, торговцу овцами, стригалю. Реже — как прозвище человеку с кротким нравом или, наоборот, с кудрявой шевелюрой, напоминающей овечью шерсть.

В России и странах бывшей империи фамилия Шафен встречается в основном у потомков немецких колонистов, переселявшихся в Поволжье и на юг Украины при Екатерине II. Вторая волна — еврейские семьи из черты оседлости, где фамилия могла быть образована от идишского שאָף (шоф — овца) или от названия местечка Шафен (такое есть в Баварии). Различить эти линии без генеалогического исследования сложно: и те, и другие писали фамилию одинаково.

Обратите внимание на ударение. В русском языке фамилию чаще произносят с ударением на первый слог — Ша́фен, что ближе к немецкому произношению. Если ударение падает на второй слог (Шафе́н), это может указывать на польское или белорусское посредничество при записи фамилии, либо на долгую бытовую адаптацию в среде, где немецкая фонетика стерлась.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шаф, Шаффер, Шефер — показывает, что Шафен сохранила более архаичную форму. В отличие от популярного Шефер (пастух), Шафен — не профессия в чистом виде, а скорее признак: «тот, кто при овцах». Это делает фамилию более конкретной, хотя и менее распространенной.