Фамилия Шафенков — редкий случай, когда разбор упирается не в тюркское или славянское прозвище, а в немецкое слово. Основа «шафен» восходит к немецкому Schaffen — «создавать, творить, работать». В немецких говорах так могли назвать деятельного, трудолюбивого человека или мастера, который всё умеет делать руками. Фамилия явно не массовая и указывает на контакты русских крестьян или посадских с немецкими колонистами.

Суффикс -ов типичен для русской фамильной модели, но в паре с такой основой он выдаёт необычную историю. Скорее всего, предок Шафенкова получил прозвище Шафен от немцев-переселенцев, а затем его дети и внуки обрусели и оформили фамилию по русскому образцу. В XVIII–XIX веках немцы активно селились в Поволжье, Причерноморье и на юге России, и местное население нередко перенимало их прозвища или профессии.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Украины, где колонизация была особенно плотной. Встречается она редко, поэтому её носители, вероятно, происходят из одного корня. Альтернативная версия — от немецкого Schaffner (управляющий, эконом), но тогда в русском языке фамилия скорее писалась бы как Шафнеров или Шафнер. Форма Шафенков говорит о более прямом заимствовании глагольной основы.

Социальный контекст прост: предки Шафенковых не были дворянами. Фамилия — крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвище давали по реальному занятию или качеству человека. Никакой связи с еврейскими фамилиями (где «шафен» могло бы означать «прекрасный» на идише) здесь нет — суффикс -ов однозначно указывает на русскую среду.