Фамилия Шафидулин — это классический пример русского патронима (фамилии по отцу), образованного от арабского имени. Её основа — мужское личное имя Шафидулла (вариант Шафиулла), которое состоит из двух корней: «шафи» (целитель, исцеляющий) и «улла» (Аллах). В буквальном переводе с арабского имя означает «исцеляющий по воле Аллаха» или «дарующий здоровье от Бога», что характерно для имён, несущих религиозный смысл и обращённых к божественному атрибуту.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе имени Шафидул(а) добавили русский патронимический суффикс -ин. Суффикс -ин, в отличие от -ов, присоединяется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный (Шафидул-а → Шафидул-ин). Формально это фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — «сын Шафидулы». В татарской и башкирской среде, откуда чаще всего происходят носители этой фамилии, имя Шафидулла было распространено, а адаптация через русский суффикс — естественный процесс для народов Поволжья и Приуралья, чьи фамилии оформлялись в документах Российской империи.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно мусульманским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также встречается у татарской диаспоры в Средней Азии. Отчества и фамилии на -ин от арабских имён (ср. Абдуллин, Хайбуллин, Сафиуллин) — одна из самых массовых групп в татарской фамильной системе, и Шафидулин стоит в этом ряду.

Редкость фамилии по сравнению с более частотными вариантами вроде Шафигуллин или Шафиков объясняется тем, что полная форма имени Шафидулла менее употребительна, чем его сокращённые или усечённые формы. Носитель фамилии Шафидулин — потомок человека, которого в документах записали именно полным именем Шафидулла, что нередко говорит о религиозной среде или грамотности муллы, фиксировавшего имя. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и представителями духовенства, но определить точнее без генеалогического исследования по конкретному роду невозможно.