Фамилия Шафростина — женская форма от Шафростин, и её разбор лучше начать не с корня, а с необычного суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шафростин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шафрост. Но само прозвище Шафрост — редкость, и его происхождение спорно.

Первая и самая вероятная версия: основа связана с диалектным словом «шафраст» или «шафрост» — так в некоторых русских говорах называли шафран, пряность и краситель. Прозвище Шафрост могли дать либо торговцу шафраном, либо человеку с рыжеватым, «шафранным» оттенком волос или бороды. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии от названий пряностей встречаются, хоть и нечасто (ср. Перечный, Имбирёв, Корицын). Шафран в допетровской Руси ценился высоко и ввозился с Востока, так что прозвище могло закрепиться за купцом или аптекарем.

Вторая версия — от имени Шафраст, которое могло быть народной формой греческого имени Софроний (через Софраст → Шафраст). В таком случае фамилия Шафростина — это «дочь/жена Шафраста», а исходное имя означало «здравомыслящий, благоразумный». Однако переход «о» в «а» во втором слоге (Софраст → Шафраст) возможен, но не обязателен, а ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Шафрóстина, что ближе к «шафранному» корню.

Географически фамилия встречается редко, преимущественно в центральных и южных областях России, где были развиты торговые пути с пряностями. В дореволюционных списках Шафростины не фигурируют среди дворянских родов — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища в XVII–XVIII веках. Ударение на «о» (Шафрóстина) подсказывает, что исходная форма прозвища звучала как Шафрóст, а не Шафраст.

Таким образом, предок современных Шафростиных, вероятно, был человеком, связанным с шафраном: либо торговал им, либо имел рыжие волосы, либо носил имя Шафраст (от Софрония). Первая версия выглядит убедительнее из-за прозрачной семантики и редкого, но логичного словообразовательного хода.