Фамилия Шафун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не крестьянская фамилия, образованная от имени отца, а скорее позднее прозвище или иноязычное заимствование.

Самый прямой путь к значению — слово «шафун» или «шафунь». В южнорусских говорах, особенно на границе с Украиной, так называли шкаф или небольшой закуток для хранения вещей. Но прозвище «Шкаф» для человека звучит странно, если только речь не шла о плотнике или столяре, делавшем такую мебель. Правдоподобнее версия, что «шафун» — это искажённое «шафёр» (от немецкого Schaffner — управляющий, эконом). В XIX веке так называли приказчиков или заведующих хозяйством в помещичьих усадьбах. Фамилия могла закрепиться за человеком, который служил управляющим, или за его потомками.

Есть и третья, более экзотическая версия: связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «шафун» означает «смотритель» или «сторож». В пользу этого говорит то, что фамилия встречается в Поволжье и Приуралье, где исторически были сильны тюркские влияния. Однако в таком случае фамилия должна была бы сохранить характерный тюркский суффикс принадлежности, которого здесь нет.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком: окончание «-ун» в русских фамилиях встречается редко и чаще указывает на деятеля (бегун, ворчун). Если принять за основу глагол «шафать» (в диалектах — шаркать, тереть), то «шафун» могло быть прозвищем нерасторопного или неуклюжего человека. Но эта гипотеза слабая, так как глагол слишком локальный и не дал других устойчивых фамилий.

География фамилии Шафун сегодня размыта: единичные носители есть в России, на Украине и в странах Балтии. Это говорит о том, что фамилия не сформировала крупного родового гнезда, а возникла в нескольких точках независимо — от разных прозвищ. Сословной привязки нет: Шафуны могли быть и крестьянами, и мещанами, и даже дворянами, если фамилия пошла от управляющего имением.

Какую из версий выбрать — решать носителю фамилии, но наиболее обоснованной выглядит связь с должностью шафёра-управляющего. Точных сведений об известных исторических личностях с такой фамилией нет, что только подчёркивает её редкость и локальный характер.