Фамилия Шагасекн — одна из тех, чья форма сразу выбивается из привычного ряда русских фамилий. В ней нет ни типичного суффикса -ов, -ин или -ский, ни окончания, характерного для славянских языков. Это почти наверняка указывает на нерусское, а точнее — восточное происхождение, где фамилия застыла в виде транслитерации исходного слова или имени.

Скорее всего, основа Шагасекн восходит к тюркским или иранским корням. Можно разобрать её как сложное слово, где первая часть «шага» или «шах» — титул или обозначение власти (персидское «шах» — царь, государь). Вторая часть «секн» менее очевидна. Возможна связь с тюркским «секмен» — в османской традиции так называли стражников, янычар или членов военизированных отрядов. В этом случае Шагасекн могло означать «царский стражник» или «воин шаха».

Другая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного по месту жительства или роду занятий. В некоторых тюркских диалектах «сак» или «сек» означает «осторожный», «бдительный», а «шага» — «нога» (ср. казахское «шага» — голень). Тогда прозвище Шагасекн могло получить человек с длинными ногами или, в переносном смысле, «быстроногий».

Географически фамилия встречается крайне редко, и её носители, вероятно, происходят из регионов Средней Азии, Закавказья или Поволжья, где исторически смешивались персидские и тюркские языки. В русской среде фамилия могла закрепиться без изменений при переписи населения, когда писарь записал прозвище на слух, не прибавив к нему типичного русского суффикса. Это делает её уникальным свидетельством межкультурных контактов, где исходное имя или титул не адаптировали, а сохранили в исходной форме.