Фамилия Шаготский — редкий случай, когда географическое название, скорее всего, легло в основу фамилии, но само это название почти не сохранилось. Суффикс -ский указывает на типичную модель образования от названия местности: такую фамилию получал либо помещик по имени своего имения, либо выходец из села или деревни с похожим именем. В данном случае речь идет о топониме Шаготь или Шаготы.

Корень фамилии — «шагот» — вызывает вопросы. В русских говорах слово «шагать» не образует таких форм, поэтому логичнее искать балтийский или финно-угорский след. На северо-западе России, особенно в бывших Псковской и Новгородской губерниях, встречаются названия, оканчивающиеся на -оть (например, река Шелонь, но есть и менее известные гидронимы). Возможно, в основе лежит древнее балтийское слово, родственное литовскому šokti — «прыгать, танцевать» или латышскому šķāgt — «брызгать, течь». То есть Шаготь могло быть названием речки или ручья с быстрым течением. По такой модели образованы, например, фамилии Ильинский (от Ильинское) или Троицкий (от Троица), но Шаготский стоит особняком — его основа нецерковная и редкая.

Второй вариант, менее вероятный, но допустимый: прозвище Шагот могло быть дано человеку с характерной походкой или манерой «отмеривать» шаги. Однако для русского языка суффикс -от- в прозвищах нехарактерен (обычно это -ун, -ак, -ай). Поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии Шаготский, скорее всего, была неоднородной. Если фамилия образована от названия деревни, то ее мог получить и священник (семинарские фамилии нередко давали по названию села, где служил отец), и мелкий дворянин, владевший пустошью Шаготь. Встречаются Шаготские и среди духовенства — в метрических книгах XIX века эта фамилия изредка фиксируется в Тверской и Смоленской губерниях, что косвенно подтверждает связь с западнорусскими говорами и балтийским субстратом.

Фамилия очень редкая. В современной России ее носителей, по разным оценкам, не более нескольких десятков человек. Основной ареал — центральные и северо-западные области, что согласуется с гипотезой о происхождении от забытого гидронима или урочища.