Фамилия Шахобова — женская форма, а её мужской вариант — Шахобов. Эта фамилия почти наверняка восходит к тюркскому или персидскому имени Шахоб. В основе лежит сложение двух корней: «шах» (царь, владыка) и «об» (вода). В персидском и некоторых тюркских языках «шахоб» — это буквально «царь воды», «владыка водной стихии». Такое имя могли давать ребёнку, желая ему силы, могущества и покровительства водной стихии, которая в засушливых регионах Востока ценилась особенно высоко. Встречается и более приземлённое толкование: «шахоб» — название драгоценного камня, разновидности агата, так что имя могло нести пожелание ценности и красоты.

Образование фамилии типично для регионов, где русская модель (-ов/-ев) наложилась на местные имена. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шахобов, то есть потомок человека по имени Шахоб. Форма Шахобова — это женский вариант, который в русской традиции получает дочь или жена Шахобова.

Географически фамилия встречается среди народов, испытавших влияние персидской и тюркской культур, в первую очередь у таджиков и узбеков. В России носители Шахобовых чаще всего живут в республиках Северного Кавказа и в Татарстане, а также в крупных городах, куда переезжали из Средней Азии. Исторически предки носителей этой фамилии могли быть людьми уважаемыми — старейшинами, священнослужителями или просто людьми с ярким, «царственным» именем, которое закрепилось за родом.