Фамилия Шахраюк — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -юк. В украинской ономастике этот суффикс (наряду с -ук, -чук) указывает на происхождение от отца или на принадлежность к его роду: Шахраюк буквально означает «сын Шахрая» или «потомок Шахрая». Такие фамилии массово формировались на западе и в центре Украины, особенно в Подолье, на Волыни и в Галиции, в XVI–XVIII веках, когда крестьяне и казаки получали фамилии по имени или прозвищу главы семьи.

Основа фамилии — прозвище Шахрай. В украинском языке слово «шахрай» означает «мошенник, плут, обманщик». Это слово восточнославянского происхождения, родственное глаголу «шахровать» (мошенничать, жульничать). Однако не стоит торопиться с выводом, что предок был обманщиком. Прозвища в народе часто давались «от противного»: так могли назвать человека чрезмерно честного, наивного, или, наоборот, хитрого и изворотливого. В некоторых говорах «шахрай» могло означать просто бойкого, ловкого человека, умеющего выпутаться из любой ситуации. Встречается и версия, что прозвище связано с карточной игрой: шахраями называли шулеров.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько это прозвище было распространено. В России и Беларуси та же основа дала фамилии Шахраев, Шахранов, Шахратов. Но именно украинский формант -юк однозначно указывает на западноукраинский ареал. Фамилия Шахраюк почти не встречается за пределами Украины и прилегающих областей Польши и Молдовы, что говорит о её локальном, преимущественно сельском происхождении.

В сословном отношении предки Шахраюков, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилии на -юк редко встречались у шляхты и духовенства, которые предпочитали суффиксы -ский/-цкий. Поэтому говорить о дворянском происхождении этой фамилии нет оснований — перед нами типичная народная фамилия, возникшая в среде простых людей.

Самые ранние письменные упоминания фамилии, вероятно, относятся к XVIII веку, когда реестры казацких полков и метрические книги начали фиксировать такие формы. Но точных дат и имён первых носителей в открытых источниках нет — это типичная ситуация для фамилий подобного типа, которые жили в устной традиции задолго до попадания в документы.