Фамилия Шахруханова — редкий случай в русском ономастиконе, на стыке восточных имён и славянской модели образования. Её основа — тюркское или иранское составное имя Шахрухан (или Шахрухан). Первая часть, «шах» (персидский «царь, правитель»), вторая — «рухан» (от арабского «рух» — дух, или от тюркского «рухан» — духовный, душевный). В итоге имя можно перевести как «царь духа» или «духовный владыка». Такие имена были распространены в среде мусульманской знати и духовенства в Средней Азии, Закавказье и Поволжье.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Шахрухан добавили суффикс -ов, а затем — типичное женское окончание -а. Мужской вариант — Шахруханов. Фамилия фиксируется преимущественно в регионах с давними тюркскими и иранскими корнями: в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди азербайджанцев и народов Средней Азии. В русской среде она почти не встречается — это маркер этнической и культурной принадлежности предков.

Сам суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в XIX — начале XX века, когда русская администрация активно «обрусевала» фамилии инородцев, добавляя стандартные окончания. До этого носители имени Шахрухан, скорее всего, обходились без фамилий — только по имени и отчеству (Шахруханович). Социальный статус предков мог быть разным: от сельских мулл и торговцев до мелких землевладельцев, но в любом случае имя указывает на уважение к духовному началу.

В отличие от многих русских фамилий, у Шахрухановой нет прозвищной или ремесленной основы. Это чисто именная фамилия, восходящая к личному имени, которое давали не случайно, а с особым смыслом. Если сравнивать с однокоренными — например, Шахов или Шахматов — то Шахруханова стоит особняком: в её основе не просто «шах», а сложное составное имя, что встречается редко.

Споров о происхождении почти нет: единственная альтернативная версия — связь с топонимом Шахрухан (возможно, название села или крепости в Иране или Афганистане), но она менее вероятна, так как фамилия не образуется от названий городов с суффиксом -ов в тюркской среде. Так что основная гипотеза — от личного имени — остаётся самой убедительной.