Фамилия Шаруханова — женская форма, а мужская, Шаруханов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — потомок Шарухана). Основа здесь — тюркское личное имя Шарухан, что сразу выводит нас в степной мир Золотой Орды и более поздних татарских ханств.

Имя Шарухан составное. Первая часть, Шар, может восходить к арабскому «шариф» (благородный, знатный) или к тюркскому «шар» (город, крепость). Вторая часть — хан, верховный правитель, титул. Таким образом, имя могло означать «знатный хан» или «хан крепости». Встречается оно и в форме Шарухан, и как Шарыхан. В русских летописях известен половецкий хан Шарукан (он же Шарукан Старый), воевавший с Владимиром Мономахом в начале XII века. Его имя — та же основа, только в иной огласовке. Не исключено, что фамилия Шаруханов — прямое напоминание о тех временах, когда кочевая знать переходила на русскую службу и получала земли.

Географически фамилия редкая, но встречается в Поволжье, на Северном Кавказе и в Закавказье — в регионах, где исторически сильны тюркские и кавказские влияния. В русском просторечии имя могли осмыслить и как прозвище от глагола «шарухать» (шарить, ворошить), но эта версия менее вероятна: суффикс -ан в основе указывает на тюркское происхождение, а не на славянскую глагольную форму.

Сословно носители фамилии могли быть как служилыми татарами (князьями или мурзами), так и крестьянами, получившими фамилию по имени предка. Точных данных о дворянских грамотах с этой фамилией нет, но имя Шарухан в XVI–XVII веках фиксируется в разрядных книгах и родословных росписях среди выходцев из Орды.