Фамилия Шахзадины — редкий случай, когда русская фамилия образована не от славянского корня, а от персидского титула. В основе лежит слово «шахзаде» (перс. شاهزاده — «сын шаха», «принц»). К этой основе добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шахзадин, то есть «потомок шахзаде» или «человек из рода Шахзаде».

Модель образования фамилии необычна: обычно в русской среде иноязычные прозвища адаптировали через суффиксы -ов/-ев, но здесь выбрали -ин. Это может говорить о том, что прозвище Шахзада воспринималось как имя собственное, оканчивающееся на -а, — по той же логике, по которой от имени Гаврила образуется Гаврилин, а от Фома — Фомин.

Вероятнее всего, фамилия Шахзадины возникла у народов Поволжья или Кавказа, где сильны персидские культурные и языковые влияния. Предок, получивший прозвище Шахзада, мог быть вовсе не знатного происхождения: на Востоке «шахзаде» нередко давали как уважительное прозвище красивому, статному человеку или тому, кто вёл себя с достоинством. Встречается и обратная версия: фамилию могли получить потомки реальных беглых принцев из Персии или Афганистана, оказавшихся на русской службе в XIX веке, но таких случаев единицы.

В русских метрических книгах фамилия встречается с середины XIX века в Астраханской губернии и среди татар-мишарей. Фамилия сохраняет ударение на последний слог — Шахзади́ны, что тоже указывает на её восточное происхождение (в русских фамилиях на -ин ударение обычно падает на основу, а не на суффикс).

Однокоренных фамилий в России практически нет: Шахзадов, Шахзадеевы — это уже другие модели. Шахзадины стоят особняком как пример того, как восточный титул превратился в русскую фамилию с помощью одного суффикса.