Фамилия Шалдышова образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ов-, указывающего на принадлежность: «чей?» → Шалдышов. Женская форма Шалдышова — это вариант, закреплённый за женщинами в русской традиции (дочь или жена Шалдышова). Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Шалдыш.

Корень «шалд-» встречается в русских говорах и связан с глаголом «шалдыкать» — болтать, пустословить, говорить невнятно или вздорно. В некоторых диалектах «шалдыга» или «шалдыш» — это человек, который говорит быстро, сбивчиво, без умолку. Вятские и пермские говоры фиксируют слово «шалда» в значении «пустомеля» или «бестолковый говорун». Таким образом, Шалдыш — прозвище говорливого, возможно, суетливого или несерьёзного человека. Вторая версия менее вероятна, но допустима: связь с диалектным «шалый» (бешеный, безрассудный) через чередование согласных. Однако в этом случае ожидалась бы форма Шалышов, а не Шалдышов.

Суффикс -ыш- в основе (Шалд-ыш) типичен для русских прозвищ, образованных от глагольных корней: он придаёт оттенок носителя действия или признака (ср. «крепыш», «малыш»). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и возникла в среде, где прозвища давали по поведению или речи. Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России: она встречается в Кировской области, Пермском крае, а также в Удмуртии, что подтверждает её диалектное происхождение. В дореволюционных переписях такие фамилии часто записывали с вариациями — Шалдышев, Шалдышов — из-за неустойчивости акающих говоров, но форма на -ов закрепилась как основная.