Фамилия Шалдышев образована от прозвища или нецерковного имени Шалдыш. В её основе лежит тюркское слово «шалды» — так в ряде тюркских языков называли болотистое место, топь, поросшую мелким кустарником, или же «шалдыр» — шум, грохот, звон. Человек мог получить прозвище Шалдыш по месту жительства — у болота или в глухой лесистой низине, либо по характеру — шумный, крикливый, неспокойный. Вторая версия выводит корень из диалектного русского глагола «шалдыкать» — говорить невнятно, косноязычно, картавить. Тогда Шалдыш — прозвище человека с неразборчивой речью.

Модель образования фамилии типична для русского Северо-Востока и Поволжья: суффикс -ев присоединяется к основе на шипящий или мягкий согласный. Форма Шалдышев — «сын или потомок Шалдыша». В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в основном среди крестьян и посадских людей Вятской и Пермской губерний, что косвенно подтверждает связь с тюркским субстратом: именно в этих краях шло активное смешение русского и татарского населения. Встречается также вариант Шалдышов, но он значительно реже.

У фамилии есть омонимичная группа: Шалдыгин, Шалдыбин, Шалдырёв. Все они образованы от однокоренных прозвищ, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном бытовании разных форм в разных местностях. Словарь В. Даля фиксирует слово «шалды» в значении «плохая, болотистая земля» именно в северных говорах, что укрепляет «географическую» версию.

В современной России фамилия Шалдышев нередкая, но не массовая. Основные очаги по-прежнему — Кировская область, Удмуртия, Пермский край. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы с Вятки уходили в XIX веке. Значение фамилии, таким образом, либо топографическое — «житель болотистой низины», либо характеризующее — «шумный, говорливый человек», либо, что менее вероятно, связанное с речевым дефектом.