Фамилия Шаллиева — один из тех случаев, где тюркская основа накладывается на русскую словообразовательную модель. Суффикс -ев указывает на типичный для русских фамилий патроним: так образовывали притяжательные прилагательные от основ на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Шалли, что почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени или прозвищу.

Корень «шал» в тюркских языках (казахском, киргизском, татарском, башкирском) многозначен. Самое частое значение — «старый», «пожилой», «седой». В казахском и киргизском «шал» — это уважительное обращение к старику, аксакалу. Соответственно, Шалли могло быть прозвищем человека, который рано поседел, или же именем, данным в честь уважаемого долгожителя. Вторая версия: в некоторых диалектах «шал» означает «лужа», «болото», и тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у болотистой местности.

Удвоенное «л» в основе (Шалли, а не Шали) — не случайность. В тюркских языках удвоение согласного часто передаёт усилительное значение или является результатом стяжения. Вполне возможно, что исходная форма — Шаллы, где аффикс -лы образует прилагательное со значением обладания. То есть «шаллы» — «имеющий седину», «седовласый». При переходе в русскую огласовку «ы» закономерно сменилось на «и», и получилось Шалли.

Фамилия Шаллиева — женская форма; мужской вариант — Шаллиев. Она характерна для народов Северного Кавказа и Поволжья, особенно для кумыков, ногайцев и татар, у которых фамилии на -ев стали массово оформляться в XIX — начале XX века, после введения всеобщей переписи и паспортизации. Встречается она и у казахов, но там чаще сохраняется исконная форма без русского суффикса — просто Шалли.

Редкий случай, когда фамилия не требует сложной реконструкции: её значение прозрачно, а происхождение — типично для тюрко-русского пограничья. Предок носителя фамилии, скорее всего, был уважаемым пожилым человеком в своей общине, и это уважение закрепилось в родовом имени.