Фамилия Шалобудова — женская форма фамилии Шалобудов, и её происхождение уходит в прозвище или мирское имя, которое звучало как Шалобуда. В русском языке слово «шалобуда» или «шалабуда» имело два значения: во-первых, так называли шалаш, временное жильё, во-вторых — непоседливого, взбалмошного человека (от глагола «шалить» с экспрессивной приставкой). Вторая версия выглядит правдоподобнее, если учесть, что прозвища людей часто описывали их характер или поведение. Корень «шал-» связан с озорством и проказами, а вторая часть «-буда» могла быть диалектным усилением или просто звуковым оформлением, как в фамилиях Шалаев, Шалимов.

Суффикс «-ов» в основе — типичный патронимический формант, указывающий на принадлежность: Шалобудов — сын Шалобуды. Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не несёт сословной окраски: её могли носить и крестьяне, и посадские люди. Географически фамилия Шалобудов встречается редко, но её очаги зафиксированы в Поволжье и на Урале, что наводит на мысль о миграции носителей из центральной России в XVI–XVII веках. В документах XIX века упоминания Шалобудовых встречаются в Саратовской и Пермской губерниях, где люди с таким прозвищем могли быть плотниками или строителями шалашей — впрочем, это лишь догадка, основанная на прямом значении слова.

Интересно, что фамилия почти не имеет однокоренных «родственников» в русском ономастиконе. В отличие от Шалаевых или Шаламовых, Шалобудовы — более локальная и редкая ветвь, и её носители, скорее всего, происходят из одной семьи, разошедшейся по разным уездам. Если искать параллели, то ближе всего фамилия Шалабудов, встречающаяся в украинских говорах, где «шалабуда» означало «шалаш» или «будка». Таким образом, Шалобудова — фамилия-прозвище, которая могла закрепиться за человеком с неспокойным нравом или за тем, кто жил во временном жилье, и её редкость говорит о том, что она не растворилась в массе типовых фамилий, а сохранила свою индивидуальность.