Фамилия Шаляшкин образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прибавился суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на прямую связь с отцом или главой семьи: Шаляшка — это человек, который приходился кому-то сыном, внуком или, реже, слугой. То есть Шаляшкин буквально означает «чей-то сын или потомок Шаляшки».

Корень здесь — «шал-», который в русских говорах имеет два основных значения. Первое и самое вероятное: «шаль» в значении «дурь, дурь, безумство». В диалектах «шалявый» — это взбалмошный, сумасбродный, а «шалякать» — делать что-то несерьёзно, дурачиться. Второе: в псковских и тверских говорах «шаляга» — это негодный, никчёмный человек, лодырь. Таким образом, прозвище Шаляшка могли дать человеку с весёлым, непредсказуемым нравом или, наоборот, тому, кого считали беспутным.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «шаля» — так в некоторых регионах называли шапку или колпак. В этом случае Шаляшка — прозвище по характерному головному убору, которое мог получить либо мастер-шапочник, либо человек, носивший необычную шапку.

Географически фамилия редкая, её очаг, скорее всего, находится в центральных или северо-западных областях России, где были распространены говоры с корнем «шал-». Встречаются единичные упоминания в переписях XIX века по Вологодской и Костромской губерниям. Если сравнивать с однокоренными, то Шаляшкин стоит в одном ряду с фамилиями Шалимов, Шалунов, Шаляпин — все они восходят к прозвищам, описывающим характер или поведение, а не ремесло или место жительства.