Фамилия Шалыганов образована от прозвища Шалыган. По одной из версий, оно ведет свое начало от диалектного нарицательного «шалыга», которое во владимирских говорах имело значение «посох с загнутым верхним концом», в костромских – «плеть, кнут», а в псковских – «плешь, темя». Вероятно, прозвище Шалыган содержало указание либо на род деятельности основателя фамилии (пастух, погонщик), либо на особенности его внешности (лысина). Возможно также, что прозвище Шалыган восходит к известному в Забайкалье глаголу «шалыганить» — «шутить, смеяться». В таком случае прозвище Шалыган отражало черты характера и поведения предка (веселый, забавный, озорной). Наконец, не исключена связь прозвища со словом «шалыган» - «бездельник». Исходя из этого, можно предположить, что Шалыганом прозвали склонного к лености и праздному времяпрепровождению человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шалыган, со временем получил фамилию Шалыганов.