Фамилия Шлыганов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность к роду: «чей?» — «Шлыганов», то есть сын или потомок Шлыгана. Основа фамилии — прозвище Шлыган, которое и определило её первоначальный смысл. В русских говорах слово «шлыган» имеет несколько значений, и ключевое из них — «негодяй, повеса, плут, пройдоха». В словаре Владимира Даля «шлыган» описывается именно как бранное прозвище для человека бесшабашного, склонного к озорству или обману. Встречается также значение «беглый, бродяга» — в некоторых регионах так называли людей без определённого места жительства, ведущих разгульный образ жизни.

Таким образом, первый носитель прозвища Шлыган, скорее всего, получил его за свой характер или поведение: либо за неспокойный нрав, либо за то, что вёл жизнь бродяги. Прозвище могло быть дано и в ироничном смысле — например, озорному парню, который «шустрит» и не сидит на месте. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия не является ни слишком редкой, ни исключительно дворянской — она бытует в основном в крестьянской и мещанской среде, что типично для прозвищ, описывающих личные качества.

Есть и менее распространённая версия: в некоторых южнорусских говорах «шлыган» — это плеть, кнут, которым погоняют лошадей. В таком случае прозвище могло относиться к погонщику, вознице или просто человеку, который держал в руках кнут. Однако эта трактовка встречается реже, и основное значение фамилии всё-таки связано с характеристикой человека, а не предмета.

Фамилия Шлыганов фиксируется в разных регионах России, но заметно чаще встречается в центральных и южных областях: в Воронежской, Рязанской, Тамбовской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой, распространённой именно в этих местах. В дореволюционных переписях Шлыгановы записаны как крестьяне и однодворцы — то есть люди, несущие сторожевую службу на южных границах государства. Со временем фамилия утратила бранный оттенок и стала просто родовым именем, но её корень по-прежнему напоминает о том, что предок носителя был, мягко говоря, человеком с характером.