Фамилия Шлыганова — женская форма фамилии Шлыганов, и её происхождение ведёт к прозвищу, а не к имени в святцах. Основа — слово «шлыган» (или «шлык»), которое в русских говорах имело несколько значений, и главное из них — нелепый, неопрятный человек или тот, кто ходит с опущенной головой. В словаре Владимира Даля «шлык» — это шапка, колпак, а «шлыган» — уже производное: либо человек в несуразном головном уборе, либо, в переносном смысле, неряха и растяпа. Есть и вторая, менее распространённая версия: в некоторых диалектах «шлыган» означало повесу или бродягу, что тоже вписывается в логику прозвищной фамилии.

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- (в женском роде -ова) присоединился к основе «Шлыган». Это указание на принадлежность: «чей?» — Шлыганов, то есть сын, потомок Шлыгана. Такой способ был массовым в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись у крестьян и посадских людей. Аристократических родов с этой фамилией не известно — скорее всего, предки носителя относились к крестьянству или мещанству, и прозвище дали за внешность или поведение.

Географически фамилия Шлыганов встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «шлык» было в ходу. Встречаются и однокоренные фамилии — Шлыков, Шлычков, Шлыгин, но Шлыганов выделяется более редким суффиксальным вариантом: здесь основа не на -к, а на -ан, что характерно для прозвищ с экспрессивной окраской (ср. «болван», «чурбан»). Так что Шлыганов — не просто «сын того, кто носил шлык», а потомок человека, которого за что-то метко обозвали Шлыганом, и это прозвище закрепилось в документах.