Фамилия Шалюгин образована от прозвища Шалюга. Скорее всего, оно восходит к нарицательному «шаль» со значением «взбалмошность, блажь; шалость, баловство, проказы». Таким образом, Шалюгой могли прозвать шального, взбалмошного, а также быстрого и проворного человека. Согласно другой гипотезе, в основе этого прозвища лежит нарицательное «шалега», которое имеет значение «жир; сырое, нетопленое сало морского зверя». Вполне вероятно, что Шалюгой прозвали полного, тучного человека. Возможно также, что это прозвище связано с белорусским словом «шалёука», т.е. «тонкая доска в дюйм толщиной». Соответственно, прозвище Шалюга могло быть связано с внешними особенностями предка (худобой) или с его профессиональной деятельностью (плотницкое дело; обработка древесины и изготовление досок). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шалюга, со временем получил фамилию Шалюгин.