Фамилия Шулюгин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный, с помощью патронимического суффикса -ин. Вопрос в том, что лежит в основе — Шулюга. А это слово, скорее всего, имеет диалектное или профессиональное происхождение.

Самый правдоподобный след ведёт в южнорусские и украинские говоры. Глагол «шулюгать» или «шулюжить» означал «шататься, слоняться без дела» или, в некоторых контекстах, «хитрить, изворачиваться». Соответственно, Шулюгой могли прозвать неспокойного, непоседливого человека, балагура или, наоборот, того, кто любил увиливать от работы. В русских говорах слово «шулюган» также зафиксировано в значении «озорник, проказник» — это ещё один вероятный источник.

Есть и менее очевидная, но интересная версия, связанная с ремеслом. В старину «шулюгой» иногда называли особый вид крюка или багра, которым пользовались рыбаки или бурлаки. В этом случае родоначальник Шулюгиных мог быть не просто носителем прозвища по характеру, а мастером, изготовлявшим такие орудия, или человеком, который ими работал. Эта версия объясняет редкий корень, нехарактерный для центральных областей России.

Географически фамилия Шулюгин не слишком распространена. Её очаги — преимущественно юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и Поволжье. Встречается она и среди украинских фамилий, где суффикс -ин указывает на обрусевшую или адаптированную форму: украинское прозвище Шулюга давало бы фамилию Шулюженко, но при переходе в русскую среду суффикс сменился на -ин.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шулюгин стоит в одном ряду с Шуляковым, Шулятиным, Шульгиным. Последняя, кстати, куда более известна и происходит от «шульга» — левша. Шулюгин же, вероятно, дальше от этой ветви: корень «шул-» здесь осложнён суффиксом -юг-, что придаёт прозвищу не столько указание на леворукость, сколько на действие или свойство характера.

Сословная принадлежность у Шулюгиных, скорее всего, была крестьянской или однодворческой. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается среди государственных крестьян южных губерний, что хорошо согласуется с версией о диалектном прозвище. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.